Mesquita se originou a partir de terras do município de Nova Iguaçu, inicialmente ocupadas pelo Engenho da Caxueira, às margens do rio homônimo. O crescimento da cidade foi impulsionado pela ferrovia, pelo aproveitamento do barro para produção de tijolos e telhas e pelo surgimento de loteamentos após o declínio da citricultura. Em 1999, pela Lei Estadual nº 3.253, Mesquita foi oficialmente desmembrado de Nova Iguaçu e instalado como município em 1º de janeiro de 2001. Mesquita é um dos municípios mais jovens da Região Metropolitana do Rio de Janeiro, com forte integração à Baixada Fluminense e proximidade estratégica com os centros econômicos da metrópole.